В статье проводится анализ современных механизмов трансформации экономики для адаптации и развития отечественных инновационных предприятий к новым условиям ограниченности инвестиционных ресурсов. Рассматривается эффективность внедряемых механизмов субсидирования инновационных компаний на ранних стадиях, а также формирование законодательной основы для их реализации на федеральном уровне. Проведен анализ деятельности Правительственной комиссии и созданной на ее основе подкомиссии, к основным функциям которой относятся осуществление контроля за оборотом иностранных инвестиций и ограничение выдачи разрешений на проведение инвестиционных сделок в случае нарушения норм действующего законодательства. Разработаны предложения по совершенствованию механизма получения разрешений от подкомиссии, созданной на основе Правительственной комиссии, для заключения инвестиционных сделок между резидентами и нерезидентами из недружественных стран.