В связи с переориентацией подготовки научно-педагогических кадров с обучения в аспирантуре на подготовку диссертационной работы актуальной задачей исследования выступает определение инструментов, обеспечивающих развитие института аспирантской подготовки. Согласно мнению авторов, тенденции последних лет по формированию кластеров и бизнес-экосистем требуют обобщения практики применения отмеченных направлений стратегического развития организаций высшей школы и построения образовательных экосистем на новых принципах развития сети аспирантур вузов. Методологическую основу статьи составили системный подход, метод графического моделирования, метод экспертных опросов стейкхолдеров, методы построения морфологических матриц и иерархии целей, а также категориальный аппарат стратегического управления развитием социально-экономических систем. Авторами предложено выполнять анализ факторов внешней среды с точки зрения наиболее существенных проблем и основного потенциала аспирантуры, разработан алгоритм формирования стратегии развития аспирантуры, предусматривающий построение интегрального дерева целей, адекватного наиболее значимым выработанным решениям, и реализацию принципов построения образовательной экосистемы. В такой экосистеме могут быть реализованы индивидуальные образовательные траектории развития аспирантов, а апробация разработанного алгоритма позволит обеспечить ожидаемые результаты по мере выполнения проектов и программ дорожной карты построения экосистемы аспирантур филиалов вуза.